Kanalları ile ünlü Altomare Şehri, tarihindeki kötü olayları geride bırakmış, son derece huzurlu bir şehirdi. Fakat şehrin ileri gelenleri eski kötü günlere tekrar dönmemek için ASS adını verdikleri bir savunma sistemi geliştirmişlerdi. ASS adındaki bu silah dünyanın en güçlü silahı olarak biliniyordu ve bu durum hırsızları Altomare Şehri’ne çekiyordu. Annie ve Oakley adındaki ünlü iki hırsız da bu silahı ele geçirmek için şehre gelirler ve şehrin koruyuculuğunu üstlenmiş olan efsane pokémonlar Latias ve Latios’u yakalamaya çalışır. Çünkü ASS’yi çalıştıracak anahtar bu iki pokémon ve Ruh Mücevheri adı verilen küredir. Annie ve Oakley’in ASS’yi ele geçirme planlarını uygulamaya çalışırlarken Ash ve arkadaşları da bu plana engel olmaya çalışırlar…